Se nel primo volume del suo "Metodo", Edgar Morin si era posto l'obiettivo di non separare il problema della conoscenza della natura da quello della natura della conoscenza, questo studio indaga la sfida della complessità dalla quale è investito l'ambito della biologia, profondamente trasformato dalla scoperta del DNA, non accompagnata però da una rivoluzione concettuale adeguata alle nuove realtà emerse. È questa rivoluzione concettuale che Morin si propone di promuovere: chiarire l'autonomia e la dipendenza dell'organizzazione vivente in rapporto all'ambiente in cui si inserisce. L'autonomia e la dipendenza reciproca tra l'individuo e la specie sono ancora uno degli obiettivi che si pone oggi, la libera ricerca scientifica.
